Mutationsspezifische PCR und Sequenzierung

Suche nach Virus-Varianten: Mehrstufige Monitoring-Strategie

  • Welche Proben – wann – wie testen?
  • Um einen repräsentativen Überblick über die Verbreitung der neuen Virus-Variante B1.1.7 zu erhalten, ist nicht nur die Anzahl der Proben entscheidend, sondern auch, welche Proben sequenziert werden.
  • Sequenzieren ist aufwändig, Bis jetzt wurden 0,3% aller positiven Proben sequenziert (Stand 16.1.), die Kapazitäten sollen nun verzehnfacht werden.


Wie erfolgt das Monitoring?

Wie soll man zu repräsentativen Daten für Österreich kommen?
Das Monitoring erfolgt, wie Dr. Andreas Bergthaler, CEMM, erläutert, auf verschiedenen Ebenen.

1.) Dezentral und österreichweit: mutationsspezifische PCR
Herkömmliche PCR-Tests werden geringfügig verändert, so dass damit auch eine bestimmte Mutation der Virus-Variante detektiert wird. Diese mutationsspezifischen PCR- Untersuchungen könnten auch in der Routinediagnostik in den Labors durchgeführt werden.
Damit wird jedoch nur das Vorliegen dieser einen Mutation festgestellt. Ob tatsächlich B1.1.7 vorliegt, muss anschließend durch Genom-Sequenzierung bestätigt werden.

2.) Sequenzierung
Das Sequenzier-Programm soll auch in einer zweigleisigen Strategie erfolgen:
a.) Nur Teile des Genoms werden sequenziert:
Mit der von Ulrich Ellinger und seinem Team vom IMBA entwickelten Methode soll nur der für das Spike-Protein codierende Genomabschnitt, in dem 8 Mutationen der neuen Variante liegen, sequenziert werden. Diese Methode ist wesentlich schneller als die Voll-Genom-Sequenzierung und erlaubt daher eine viel höhere Probenzahl.
b.) Ganz Genom-Sequenzierung:
Die äußerst komplexe Methode wurde über ein Jahr hindurch aufgebaut (CEMM mit Partner-Organisationen).
Bis jetzt wurden in Österreich 1.300 Virusgenome sequenziert. Die Kapazitäten sollen nun um das 10-Fache ausgeweitet werden, so dass künftig 400 Virusgenome pro Woche sequenziert werden können.

Welche Proben werden sequenziert?

Um einen repräsentativen Überblick über das Mutationsgeschehen bei zirkulierenden Viren zu erhalten, ist nicht nur um die Anzahl der Proben entscheidend, sondern auch, welche Proben sequenziert werden.
Folgende Proben sollen sequenziert werden:

  1. Proben des diagnostischen Frühwarnsystems (Sentinel Influenza-Netzwerk), die positiv auf SARS-CoV-2 getestet wurden (niedergelassene Ärzte quer durch Österreich nehmen bei Personen mit respiratorischen Infekten Abstrichproben und senden sie zur Untersuchung. Proben, die positiv auf SARS-CoV-2 getestet wurden, sollen nun auch sequenziert werden)
  2. Proben mit positiver Vortestung (mutationsspezifische PCR)
  3. Proben, die von der AGES zur Cluster-Abklärung übermittelt werden
  4. Proben aus Kläranlagen:
    Flächendeckend sollen die größten Kläranlagen wöchentlich oder zwei-wöchentlich untersucht werden, Damit könnte Abwasser von etwa 4 Millionen Menschen erfasst werden und einen Einblick in das globale Geschehen in Österreich geben. (siehe auch: Coron-A-Initiative)

Text: Susanne Hinger
(Pressegespräch im Bundesministerium; Dr. Andreas Bergthaler, CEMM)